本季开篇，大脚帮与外星种族“崔森星人”结盟。斯普林特老师被一个金色的三角传送装置吸走。莱昂纳多带领兄弟们通过装置追踪到一个垃圾星球上的外星角斗场。在这里，他们遇到了来自不同平行宇宙的“忍者神龟”：全是女性的神龟小队、蒸汽朋克风格的机械神龟、以及全员黑化的反派神龟。为了解救斯普林特，他们必须击败其他宇宙的神龟，夺取“宇宙之眼”宝石。在与邪恶版拉斐尔的战斗中，本宇宙的米开朗基罗发现，只要不按照常规套路出牌（比如突然开始跳舞），就能打乱平行宇宙对手的预测系统。
斯普林特老师被外星人掳走，四只神龟潜入外星角斗场，发现对手竟是平行宇宙的自己。
平行宇宙的设定让这个老IP焕发第二春。各种版本的神龟互相对战脑洞大开，彩蛋密集到需要逐帧观看。情感核心依然温暖，关于“什么是真正的兄弟”的讨论贯穿始终。打斗作画流畅度极高。
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