第三季中，科尔和拉姆丝试图回到2016年阻止最初病毒的释放，却发现“十二猴子”组织已经渗透进了各个时空维度。他们并非单纯想毁灭人类，而是在进行一项宏大的社会实验：制造末日，筛选出能够“心灵感应”的新人类。这一季，科尔发现了自己童年的另一个版本，那个版本从未被送去未来，反而成为了猴军的精神领袖。同时，病毒学家琼斯博士发现，病毒的原始代码里包含一段情诗，署名是科尔的父亲。时间线彻底崩溃，过去、现在、未来开始重叠，科尔必须在记忆被抹除前，找到那个写下情诗的“第一因”。
当十二猴子军团开始招募过去的志愿者，科尔发现摧毁人类文明的病毒，最初竟是为了治愈孤独而设计的。
本季将混乱的时间线玩到了极致，情感冲击力远超之前。每一集都像是一个独立的时间悖论谜题，却又紧密服务于主线。对孤独与人性的探讨，让科幻设定落地，悲壮而浪漫。
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三位骑警在科技泛滥的时代，用复古的左轮和马匹对抗一个掌控无人机大军的邪教领主。
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一个可以把灵魂变成鸟的少年，在城市中寻找最后一只不会飞的鸟，那是他已故恋人的灵魂。
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一名普通霍比特人继承了一枚能毁灭世界的魔戒，必须将它丢进末日火山。
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一个西北小镇的女孩被父母逼着考公务员，却偷偷报名了县剧团，直到一场意外让她必须站在舞台上。
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1794年，一名被送上断头台的贵族交际花怨灵不散，她诅咒每一个触碰断头台的男人，都以最疯狂的方式自杀。
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那个永远在旅途中、永远失恋的寅次郎，时隔多年后再次回到了葛饰柴又。
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70年代芝加哥，黑帮打手转身成为地下教堂教父，用灵魂乐和一碗热汤拯救了整个街区。
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为了给女儿换心脏，一个鳏夫卡车司机要在六个小时内横穿黑帮控制的沙漠，运送一颗活体心脏。