第三次世界大战爆发，学园都市与英国清教、罗马正教等魔法阵营彻底决裂。上条当麻在失去记忆后，依然背负着“幻想杀手”的命运。茵蒂克丝被神秘组织绑架，而一方通行为了保护最后之作，不得不与最恶的敌人——“神之力”展开死斗。滨面仕上也卷入了一场关于“人工天界”的阴谋。当魔法与科学交织成前所未有的浩劫时，当麻的右手能否再次打破神明的剧本？
学园都市与魔法阵营全面开战，当麻的右手将决定两个世界的存亡。
本季节奏极快，几乎每集都塞满高密度打斗和世界观反转。虽然对路人不太友好，但老粉会看到大量伏笔回收，一方通行的救赎线尤为动人，结局的泪点让人猝不及防。
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小女孩的狗去世后，一只与她去世狗狗长得一模一样的小犬出现在街角。
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丁鹏的圆月弯刀失踪二十年后重现江湖，而新持刀者说自己是“丁鹏的良心”。
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自称明朝皇室后裔的保安小哥，被卷入一场寻找传国玉玺的全球暗杀竞赛，而他只有一份祖传的《烧饼歌》残本。
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孟买贫民窟的五个小贩被宇宙射线击中，获得超能力，却要用它来对抗腐败的拆迁地产商。
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六年前那场导致无数人精神崩坏的“混沌事件”再现，一群高中生发现，自己的妄想正在批量杀死他人。
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一个女孩想要上学，她需要的第一件东西不是书本，而是一座厕所。
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一名逃到韩国的北韩前马拉松选手，被迫代表韩国参加国际大赛，却发现终点线后等待着暗杀指令。
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二战战俘营里，德国士兵乔与犹太囚犯马克斯被迫在每晚扮演夫妻取悦纳粹军官。